Ojciec Święty udał się na krótki odpoczynek do Castel Gandolfo.
Ostatni dzień I Zagranicznej Pielgrzymki Apostolskiej Jana Pawła II do Polski. Najpierw Ojciec Święty spotkał się na pożegnalnej prywatnej audiencji ze swoimi przyjaciółmi z tzw. Środowiska Wujka, na której obecni byli m.in Danuta Ciesielska, Gabriel Turowski z żoną Bożeną i Mieczysław Wisłocki z żoną Ewą. Potem przejazd ulicami Krakowa na Błonia, gdzie odbyła się uroczysta pożegnalna Msza Św. koncelebrowana z polskimi biskupami, przedstawicielami Kurii Rzymskiej i delegacjami episkopatów ze świata. Nastąpiła na niej koronacja łaskami słynącego obrazu Matki Bożej z Makowa Podhalańskiego i wierni otrzymali apostolskie błogosławieństwo. Następnie kolejno: spotkanie w rezydencji arcybiskupów z przedstawicielami środków społecznego przekazu z kraju i zagranicy z przemówieniem: Świadectwo prawdzie. Przejazd na lotnisko w Balicach, oficjalne pożegnanie, przemówienie: Całuję ziemię, z którą nigdy nie może rozstać się moje serce. I powrót Ojca Świętego do Watykanu.
Przedostatni dzień I Zagranicznej Pielgrzymki Apostolskiej Jana Pawła II do Polski - równie pracowity jak poprzednie. Najpierw Papież odbył w siedzibie arcybiskupów spotkanie z radą Papieskiego Wydziału Teologicznego – gdzie wygłosił przemówienie: Umiłowanej przeze mnie uczelni życzę błogosławieństwa. Następnie udał się na spotkanie w Bazylice św. Franciszka z Asyżu z chorymi, inwalidami i upośledzonymi fizycznie. Następnie przemieścił się do opactwa cystersów w Mogile, gdzie uczestniczył we Mszy Św., gdzie nawiedził Najświętszy Sakrament i relikwie Drzewa Krzyża Świętego. Później przejechał na cmentarz Rakowicki gdzie modlił się przy grobie rodziców i brata Edmunda. Prosto z nekropolii udał się do Kościoła Mariackiego na spotkanie z siostrami zakonnymi. Udzielił audiencji delegatom episkopatów z całego świata w uroczystość 900.lecia śmierci św. Stanisława BM i wygłosił z tej okazji przemówienie: Troska o zabezpieczenie chrześcijańskiego dziedzictwa Europy. Na koniec dnia Papież z przyjemnością wysłuchał koncertu Beatus vir Henryka Mikołaja Góreckiego w bazylice franciszkanów.
Siódmy dzień I Zagranicznej Pielgrzymki Apostolskiej Jana Pawła II do Polski w którym Papież spotkał się z członkami redakcji Tygodnika Powszechnego, Znaku, Więzi, oraz przedstawicielami Klubów Inteligencji Katolickiej. Kolejnym punktem papieskiej wizyty był Nowy Targ, gdzie Jan Paweł II przewodniczył Mszy Św. odprawianej przy zbudowanym specjalnie ołtarzu – kolibie. Wygłosił do tłumnie zebranych wiernych homilię: Siłą Polaków- osobisty związek z ziemią. W drodze powrotnej był przewidziany przelot na ukochanymi przez Ojca Świętego Tatrami, lecz z powodu złej pogody został ograniczony jedynie do zatoczeniu koła nad Morskim Okiem. Po powrocie do Krakowa Papież uczestniczył w uroczystym zamknięciu Duszpasterskiego Synodu Archidiecezji Krakowskiej w katedrze na Wawelu, gdzie wygłosił do zebranych przemówienie: Siedem lat pracy wspólnotowej dla aktualizowania Kościoła lokalnego. Następnie Ojciec Święty przewodniczył w Mszy Św. przy ołtarzu św. Stanisława ze Szczepanowa, która została odprawiona po raz pierwszy, zarówno w Polsce jak i w Kościele powszechnym wg formularza o bł. Jadwidze Królowej. Wygłoszona z tej okazji homilia: Droga dłuższa, lecz pełniejsza. Po nabożeństwie odbyło się spotkanie w paulińskim kościele św. Michała Archanioła na Skałce z profesorami wyższych uczelni krakowskich, a po Eucharystii Następca św. Piotra wyszedł na spotkanie z oczekującą go młodzieżą w ogrodzie klasztoru paulinów, do których zwrócił się słowami: Od was zależy jutrzejszy dzień. Na koniec dnia - wyczekiwane przez tłumy wiernych spotkanie przy otwartym oknie na Franciszkańskiej 3.
Szósty dzień I Zagranicznej Pielgrzymki Apostolskiej Jana Pawła II do Polski. Rano Papież odleciał z Krakowskich Błoni do Kalwarii Zebrzydowskiej, gdzie nawiedził sanktuarium maryjne i klasztor ojców bernardynów. Spotkał się z wiernymi, przewodniczył Mszy Świętej i zwrócił się do obecnych: Proszę, abyście się za mnie tu modlili. Następnie przyleciał do Wadowic, do swojego rodzinnego miasta. Pojechał do kościoła parafialnego pw. Ofiarowania Najświętszej Marii Panny, gdzie modlił się przed Najświętszym Sakramentem, ucałował chrzcielnicę, a także pomodlił przed obrazem Matki Bożej Nieustającej Pomocy. Przewodniczył Mszy Św. odprawianej przed kościołem na której w homilii powiedział: Papież potrzebuje nieustającej pomocy. Po spotkaniu z wiernymi nastąpił przelot do Oświęcimia i nawiedzenie byłego niemieckiego obozu zagłady Auschwitz-Birkenau i papieska wizyta m.in. w bloku 11 zwanym blokiem śmierci, celi męczeńskiej śmierci bł. Maksymiliana Kolbe, a później Ojciec Święty modlił się pod ścianą śmierci, pod którą hitlerowcy rozstrzelali ponad 20. tysięcy więźniów. Na rampie obozu została odprawiona Msza Św. koncelebrowana z kapłanami - byłymi więźniami hitlerowskich obozów zagłady. Podczas Eucharystii Papież wygłosił homilię: Zwycięstwo przez wiarę i miłość, następnie złożył hołd przed pomnikiem Męczeństwa Narodów i odleciał do Krakowa, gdzie w pałacu arcybiskupów krakowskich było zaplanowane jego spotkanie ze środowiskiem wujka, czyli uczestnikami wypraw turystycznych odbywanych wspólnie z księdzem, a następnie biskupem i kardynałem Wojtyłą. A na koniec dnia spotkanie z tłumnie oczekującymi wiernymi z okna na Franciszkańskiej 3.